Montecelio appartenne in seguito a diverse famiglie nobili per poi esssere acquisito dalla famiglia dei Censi nel 1550.

In questa epoca il paese fu interessato da una serie di lavori architettonici tra cui Palazzo Cesi, Arco di S. Maria e l’abbellimento delle chiese esistenti (S. Lorenzo, S. Antonio, S. Maria).

Ma fu nel secolo seguente che sotto i Borghese la comunità intraprese lavori più impegnativi con la costruzione della chiesa di S. Giovanni e del vasto complesso francescano di S. Michele Arcangelo.

All’interno del Palazzo Comunale del XVI sec., nel Museo Antiquarium, sono conservati oltre ai numerosi reperti provenienti dalle varie ville romane del circondario anche numerose testimonianze delle varie culture che si sono succedute nel territorio di Montecelio.

Durante la I Guerra mondiale i terreni sottostanti al borgo di Montecelio furono utilizzati come campi di aviazione dall’Aeronautica militare e il centro abitato denominato Guidonia assunse sempre più importanza fino a diventare comune acquisendo il centro storico del sovrastante Montecelio.